לפי התיאוריה הפסיכואנליטית, קונפליקט לא מודע מתייחס לתהליכים המנטליים המתרחשים מחוץ למודעות של האדם (הלא מודע). קונפליקטים אלו הם לרוב תוצאה של רצונות, רגשות או דחפים סותרים הנמצאים במאבק זה עם זה.
לפי זיגמונד פרויד, מייסד הפסיכואנליזה, יש בכל בני האדם חלק נפשי לא מודע אשר הוא המקור לרבות מהמחשבות, הרגשות וההתנהגויות שלנו. מדובר בחלק משמעותי מאוד בנפש שמכיל את הרצונות העמוקים והפרימיטיביים ביותר שלנו, כמו גם את הזיכרונות והרגשות שלנו שהדחקנו או שכחנו או שלא ניתן בכלל היה להעלות אותם לחשיבה או שהם היו כה עוצמתיים עוד לפני שבכלל למדנו להפיק משמעות משפה (תהליכים מנטליים טרום מילוליים).
פרויד האמין שקונפליקטים לא מודעים מתבטאים לעתים קרובות בהתנהגות ובמחשבות היומיומיות שלנו בצורות של שיבושי מלים, פליטות פה, שכחה זמנית של שמות ומקומות, כמו גם בחלומות או בסימפטומים נפשיים, כגון: חרדה, דיכאון, אובססיות וכו'. הוא האמין שהתסמינים הללו הם תוצאה של הלא מודע שניסה לפתור קונפליקט על ידי העלאתו אל פני השטח (המודע) באמצעות ביטויים סמליים.
קונפליקטים לא מודעים יכולים להיות קשים לזיהוי מכיוון שהם מושרשים בהתנהגותו של האדם וקשורים קשר עמוק עם הזהות שלו ובאופן שבו הוא מכיר את עצמו. דוגמאות לקונפליקטים לא מודעים יכולות להיות:
1. אדם שנאבק בתחושות של ערך עצמי נמוך עלול לחבל באופן לא מודע בהצלחתו שלו כי ישנה אמונה לא מודעת שאסור לו להצליח. קונפליקט לא מודע זה עשוי להתבטא בדחיינות, התנהגויות חבלה עצמיות או חוסר יכולת לממש את המטרות אליהן הוא מאוד רוצה להגיע במודע (כלומר, במחשבות, רגשות, תחושות יומיומיות אליהן הוא כן מודע ומצליח להתחבר אליהן).
2. אדם עם פחד נטישה עלול להרחיק ממנו אנשים באופן לא מודע במערכות היחסים בחייו, גם אם במודע הוא מאוד רוצה ומבקש קרבה וחיבור. קונפליקט לא מודע כזה עשוי להתבטא כקושי באמון במערכות יחסים, קושי באינטימיות, או דפוס התנהגותי של משיכה ולאחר מכן הרחקת בני זוג פוטנציאליים.
חשוב לציין כי קונפליקטים נפשיים לא מודעים יכולים להיות מורכבים ורבי-פנים, ועשויים להתבטא במגוון דרכים שונות בהתאם לאדם ולהיסטוריה ההתפתחותית והסביבתית הייחודית לו.
בטיפול נפשי באוריינטציה דינאמית (כלומר, טיפול שמשתמש במונחים ובחשיבה השאובה מהפסיכואנליזה), ישנה אפשרות לחשיפה של קונפליקטים לא מודעים וחקירתם. הרבה פעמים המטפל יעודד את המטופל להסתכל ולהתבונן בקונפליקטים הנפשיים ולחקור אותם, במקום להימנע מהם או לדכא אותם, מכיוון שבדרך זו ניתן להשיג תובנה לגביהם, אשר בתורה מביאה לשינוי פנימי מהותי. על ידי עבודה דרך קונפליקטים אלה ופתרונם, מטופלים עשויים להיות מסוגלים לפתח אסטרטגיות התמודדות בריאות יותר ולבצע שינויים מתמשכים בהתנהגותם ובראייתם הנפשית (הנקראת גם, פרשנות).